Durant la transaction pour la libération de Sydney, Lindsay est assassiné sur ordre de Sloane. La fiole trouvée dans un hôtel de Varsovie par Sydney et qui s'avère être l'ADN de Rambaldi est récupérée par le Département des Recherches Spéciales de la CIA pour analyses. Peu de temps après, Sydney est enlevée dans son appartement par Kendall qui lui révèle en détails toute l'histoire des 2 années manquantes de sa vie ...